มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตพะเยา ก่อตั้งขึ้นเมื่อปีพุทธศักราช ๒๕๓๔ โดย พระเดชพระคุณพระอุบาลีคุณูปมาจารย์ (ปวง ธมฺมปญฺญมหาเถร) อดีตเจ้าอาวาสพระอารามหลวง วัดศรีโคม คำ, อดีตที่ปรึกษาเจ้าคณะภาค ๖ ตามมติที่ประชุมกรรมการสภามหาวิทยาลัย มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ฯ มีมติอนุมัติวิทยาลัยสงฆ์พะเยา เป็น วิทยาเขตในนาม “มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ วิทยาเขตพะเยา” ตามประกาศมหาวิทยาลัย ที่ ๔๐/๒๕๓๔ เรื่อง ตั้งวิทยาเขตพะเยา ประกาศ ณ วันที่ ๒๐ สิงหาคม พุทธศักราช ๒๕๓๔ ลงนามโดยพระสุเมธาธิบดี สภานายกมหาวิทยาลัย

    ต่อมาได้มีการตราพระราชบัญญัติ มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย พ.ศ. ๒๕๔๐ ประกาศ ในราชกิจจานุเบกษา ฉบับกฤษฎีกา เล่ม ๑๑๔ ตอนที่ ๕๑ ก วันที่ ๑ ตุลาคม พ.ศ. ๒๕๔๐ ทำให้สถานภาพของ มหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์ เปลี่ยนเป็นมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และ เป็นมหาวิทยาลัยของรัฐ ในกำกับของรัฐบาล วิทยาเขตพะเยาจึงเป็นส่วนงานหนึ่งของมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลง กรณราชวิทยาลัย ตามมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ในคราวประชุ มครั้งที่ ๑๑/๒๕๔๑ เมื่อวันที่ ๒๗ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๔๑ ประกาศ ณ วันที่ ๓๐ เดือนพฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๔๑ 

    บัณฑิตศึกษา วิทยาลัยสงฆ์พะเยา มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตพะเยา ได้รับ อนุมัติเปิดสอนหลักสูตรพุทธศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาพระพุทธศาสนา สำหรับบรรพชิต ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๕๒ ตามมติสภามหามหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ ๒/๒๕๕๒ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ ๒๖ มีนาคม พ.ศ. ๒๕๕๒ และสำหรับคฤหัสถ์ ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๕๓ ตามมติสภามหามหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ ๕/ ๒๕๕๓ เมื่อวันพฤหัสบดีที่ ๒๖ สิงหาคม พ.ศ.๒๕๕๓ และได้รับอนุมัติเปิดสอนหลักสูตรพุ ทธศาสตรดุษฎีบ บัณฑิต สาขาวิชาพระพุทธศาสนา สำหรับบรรพชิตและคฤหัสถ์ ตั้งแต่ ปีการศึกษา ๒๕๕๙ ตามมติสภามหา มหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ ๔/๒๕๕๙ เมื่อวันพุธที่ ๒๗ เมษายน พ.ศ.๒๕๕๙ และได้รับอนุมัติเปิดสอน หลักสูตรรัฐศาสตรมหาบัณฑิต สำหรับบรรพชิตและคฤหัสถ์ ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๖๒ ตามมติสภามหา มหาวิทยาลัย ในคราวประชุมครั้งที่ ๙/๒๕๖๒ เมื่อวันพุธที่ ๓๐ ตุลาคม พ.ศ.๒๕๖๒ เป็นต้นมา